Đậu xanh là cây ký chủ của nhiều loại sâu bệnh. Sự dinh dưỡng cố định của chúng làm cho cây suy yếu, không cho năng suất tối đa. Vì vậy, muốn có năng suất cao, vấn đề kiểm soát sâu bệnh là tiên quyết.
Về bệnh: Theo kết quả điều tra về bệnh của Cục BVTV trên cây trồng, đã xác định 20 loài bệnh hại, trong đó 2 bệnh gây tổn thất lớn cho năng suất đậu xanh là bệnh bạc đầu, bệnh hoa lá và đốm lá.
Bệnh khảm vàng, bệnh này gây hại trên đậu xanh tương đối toàn diện, cây đậu bệnh khảm vàng thường ít hoa, quả chín muộn, số quả trên cây, số hạt trên quả và trọng lượng hạt đều giảm. Kết quả nghiên cứu cho thấy sự thiệt hại tùy thuộc thời gian nhiễm bệnh. Nếu cây nhiễm bệnh trước 7 tuần tuổi năng suất giảm từ 20-70%, nhưng sau 8 tuần thì không ảnh hưởng tới năng suất.
Phòng trừ bệnh khảm vàng: Biện pháp hữu hiệu là trồng giống kháng. Đối với những giống có khả năng chống chịu tốt cũng phải được chọn lọc lại ít nhất là sau 4 vụ gieo trồng. Khi trên ruộng xuất hiện cây bệnh, cần kịp thời nhổ bỏ, dùng thuốc diệt trừ.
Bệnh thứ hai là bệnh đốm lá do nấm Sercostora. Bệnh đốm lá được gây bởi hàng nấm, hại tất cả các bộ phận trên mặt đất của cây và bệnh xuất hiện khá muộn. Xuất hiện khi cây ở giai đoạn hình thành nụ nặng gần tới khi thu hoạch. Một số nghiên cứu cũng cho thấy nếu hạn chế được nấm trên lá thì sẽ làm tăng năng suất 50-60%.
Biện pháp phòng trừ bệnh đốm lá: Nhiều phương pháp hiện được thử nghiệm trên bệnh đốm lá được nhiều nước thực hiện cho thấy: Một số loại thuốc đã cho hiệu lực khá cao như Dapronin, Pamistin, Alvin, Tilt ... Thời gian phun thuốc phòng bệnh là 20 - 30 đến 40 ngày sau gieo.
Về sâu hại trên đậu xanh thường gặp là giòi đục thân, chúng gây hại ở giai đoạn cây con, cây bị hại nếu xẻ đôi thân phần gốc sẽ thấy giòi. Rải Furadan làm 2 đợt: đợt đầu khi tiến hành gieo hạt và đợt 2 từ 5-7 ngày sau mọc. Ngoài ra cần phun thuốc diệt ruồi đẻ trứng trên đợt cây non.
Thứ hai là sâu khoan, đây là loài ăn tạp, nó ăn lá hoa quả đậu xanh, ngài cái sâu khoan thường đẻ trong 6 ngày liền, trứng nở sau 3-4 ngày, tùy thuộc vào nhiệt độ. Thời gian sinh trưởng sâu non chừng 3 tuần, nó trải qua 6 tuổi. ảnh hưởng thuốc sâu rất mạnh khi sâu ở độ tuổi 1-2 ngày. Khi sâu lớn, dường như kháng tất cả các loại thuốc. Sâu non ban ngày núp dưới đất và ăn vào ban đêm, vì vậy, phun thuốc vào vào chiều tối mới mang lại hiệu quả.
Thứ ba là sâu tơ. Sâu này gây hại lớn trong giai đoạn ra bông. Sâu non thường đục chui vào bông, phá hại nhụy làm quả không đậu được. Trừ sâu tơ rất khó khăn vì chúng nằm trong bông lại có lớp tơ bao bên ngoài làm cho thuốc khó tiếp xúc. Vì vậy, trong thời gian cây chuẩn bị ra bông, cần thường xuyên quan sát và phun thuốc phòng ngừa. Phương pháp phòng trừ hữu hiệu nhất hiện nay là dùng bẫy pheromon trên diện rộng.